Institut Supérieur d'Etude des Religions et de la Laïcité (ISERL)
Mène dans une perspective interdisciplinaire et comparatiste l’analyse des phénomènes religieux et de la laïcité.
Maison de l'Orient et de la Méditerranée (MOM)
La fédération de recherche MOM regroupe quatre unités de recherche se consacrant à l'étude, sous tous les aspects, des sociétés anciennes, de la Préhistoire au monde médiéval, au Proche et Moyen-Orient, en Méditerranée et sur le territoire métropolitain. Elle compte six services communs d'appui à la recherche et sept plateformes technologiques.
Maison des Sciences de l'Homme (MSH)
La MSH Lyon Saint-Etienne a pour mission de structurer les SHS sur le site avec un périmètre élargi à toutes les unités de recherche SHS, soit plus d'une cinquantaine d'unités. Les tutelles de la MSH-LSE sont le CNRS, l'Université Lumière Lyon 2, l'Université Jean Moulin Lyon 3, l'ENS de Lyon, l'Université Jean Monnet Saint-Etienne, l'IEP de Lyon et l'Université Claude Bernard Lyon 1.